虽说第二次冲击间接导致人类在短时间内损失了一半的人口，但也成功的将【亚当】还原成了胚胎，灵魂也被控制住，安放在了一个人类少年的体内。
而【莉莉丝】也被发现。
人类依托发现【莉莉丝】的巨大的地下空洞，并依此建造了NERV总部。
并以此为中心建造了作为要塞的第三新东京市。
为了应对即将苏醒的使徒，人类依靠【莉莉丝】制造了初号机，依靠【亚当】制造了零号机以及二号机。
这些巨大机器人被称为【eva】。
之后，男主，也就是啶真嗣的母亲啶唯参加了初号机的首次试验。
由于发生了意外，啶唯的灵魂永远留在了初号机的体内。
而在这之后，啶源堂发生了巨大的变化。
为了再次见到妻子，他向Seele提出了【人类补完计划】。
即所有人类摆脱肉体，以灵魂的姿态回归【莉莉丝之卵】中，人类成为一体，心灵互为补全。
但这在所有人眼中无异于自杀，因此只有Seele以及NERV极少数的高层知晓，就连各国都被瞒在鼓里。
随着时间来到了2015年，使徒们按照死海文书预言的那样开始苏醒。
由于【亚当】的胚胎被隐藏，使徒们误以为【莉莉丝】就是【亚当】，不约而同的向着第三新东京市袭来。
值得一提的是，使徒们并不是由于【亚当】的第二次冲击而被唤醒的。
准确的说，应当是按照死海文书记载的时间来苏醒的。
当然，前提是没有出现意外。
比如第二次冲击就是人为引起的。
虽说啶源堂提出了【人类补完计划】，但其实他的目的是成神。
因为【人类补完计划】并不能让他见到老婆，毕竟啶唯的灵魂在初号机内，可不会回归【莉莉丝之卵】中。
而哥斯拉当初看动漫以及剧场版的时候，最心疼的就是啶真嗣了。
他原本应该是一个在校园中享受青春的帅小伙的。
但由于早年丧母，再加上父亲的忽视，导致其性格自私、胆小、懦弱、老实，害怕被人伤害，也害怕伤害别人。
最大的特点就是想要得到父亲的认可。
也正因为这个原因，让啶真嗣坐上了初号机。
即便是面对着恐怖的使徒，最终也没有放弃。
要知道，零号机和二号机
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