受命于朝廷，诛讨逆贼，安抚良民，本应论功行赏，加官进爵，难道就因一些微不足道小事，就定他死罪吗？陛下如此不公平予以处罚，恐怕有负众望，百官有所不服。”
灵帝看完奏章后，便赦免了王允的死罪，但仍下狱中，要重新定罪。
这年冬天，又逢朝廷大赦。由于张让始终从中作梗，王允仍不在赦免之列。何进、袁隗、杨赐等三公要员继续上书，要求赦免王允。
又过一年，王允才被免罪释放。王允虽对张让等人的行径深恶痛绝，但因力量有限，只得改名换姓，离开都城洛阳，辗转于河内、陈留之间。
灵帝驾崩，王允急忙赶赴洛阳吊丧。此时，朝廷极度混乱，以何进为首的外戚势力大增，阉党张让失去了对局势的控制权。
为了削弱宦官势力，何进利用各地方官吏奔丧机会，广泛结交拉拢亲己势力。
王允一到洛阳，就被何进紧急召见，并说明意图。王允很感激何进救命之恩，满口答应。
何进掌权后，王允被辟为从事中郎。何进被杀，王允不得不迁任河南尹，暂时逃避张让的嚣张气焰。
董卓废掉少帝，献帝继位，王允被拜为太仆，不久迁任尚书令，并替代杨彪任司徒。
董卓从进驻洛阳到迁都长安过程中，废旧立新，毒杀太后，广植党羽，培养亲信，统收兵权，控制朝廷，专横跋扈，残暴肆虐的行径，使王允敏锐地意识到，董卓将成为威胁东汉政权的最大隐患，必须铲除。
王允之所以隐忍不发，是接受了在政治争斗中遭受失败的教训，不得不转变斗争策略。他清楚地知道，董卓手中掌握有强大军事力量，党羽众多，而且董卓本人凶残毒辣，如果主动出击，只能是以卵击石。
于是，王允表面上一味听任，甚至顺从董卓，让他放松对自己的戒备，实际上却处心积虑，周密布置。
董卓进入洛阳后，为了站稳脚跟、扩大势力，极力拉拢朝中有影响的官员。王允不动声色，顺势归顺，尽量迎合。有时，王允不惜矫情曲意，偏违原则，来换取董卓的信任。
董卓见王允不但具有才识，而且对自己忠心耿耿，毫无二心，便把王允当作自己心腹亲信，不生丝毫疑心，无论朝政大小，都托付给王允处理。
王允借此时机，亲自主持一些恢复王室和发展社会经济的具体事务。杨勋是当时朝廷中正义之土，不畏强暴，一直坚持斗争，曾与皇甫嵩一起密谋诛杀董卓，后因董卓与皇甫嵩言和，感到自己势力弱小，只
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