辖两州五县，分别是掖县(府驻地)、平度州(辖潍县、昌邑)、胶州(辖高密、即墨)；莱州府以东的地区，则都隶属登州府。
此后约200年的时间内，胶东半岛大致维持了这种西莱东登的地域结构，而胶东地区，大体也就指的是登莱两州(广义上有时也把青州算在内)。
虽然都是府，但大部分时间内，莱州府的地位总体比登州府略高，这是因为莱州府在各方面都优于登州府，天启二始登莱巡抚曾驻于登州，但时间很短，底蕴尚差，无法撼动老大的地位
这是因为，古代评价一个行政区域地位高低的两大指标是耕地和人口，莱州府较之登州府，更靠近山东内地，地形相对更平坦，人口也更多，因此地位更高。
登莱这一块属于胶东半岛，登莱僻在东陲，三面距海，利擅鱼盐。且北指旅顺，则扼辽左之咽喉，南出成山，则控江、淮之门户，形险未可轻也。”说明了登莱地区的地理位置举足轻重，加上后来辽镇发生建奴叛乱，所以特设一巡抚，以辖其地。
明代巡抚在法律层面始终不是省一级的最高长官，万历年间的《大明会典》，将巡抚列入都察院，表明其中央官员的身份，但是却有权统辖治下所有之地。
大明朝廷在辽沈丢失之后，建奴兵锋直指广宁，面对辽沈失陷的辽东战局，名将熊廷弼提出了著名的三方布置之策：“广宁用马步列垒河上，以形势格之，辍敌全力；天津、登、莱各置舟师，乘虚入南卫，动摇其人心，敌必内顾，而辽阳可复，于是登、莱议设巡抚如天津，以陶朗先为之；而山海特设经略，节制三方，以一事权。
于是朝在天启元年设登莱巡抚赞理军务专辖沿海屯卫兼辖东江诸岛。”所以在正式文书中，登莱巡抚也被写作“钦差登莱等处地方备兵防海赞理征东军务兼管粮饷都察院右都御史”。
从这个名号可以得出，登莱巡抚的主要任务，除了登莱本地的沿海屯田与海防任务外，还有掌管东江诸岛，以及所谓的征东事务，这和大明帝国在东北地区与建奴军队作战的情况有着密切的关系。
在登莱镇设立以后，它一直也是作为支持前方作战的一个大后方，源源不断的粮草和兵员，从这里运送去辽东，支援对前方的作战，可以说在这里是就是支援辽镇的大后方，有力的支援了辽镇的作战。
无奈朝廷在辽镇那是一败再败，丧师辱国，登莱地区的作用直接被无视了。
更加雪上加霜的是吴桥兵变，一场吴桥兵变算是把这里彻底的搞砸了，吴
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