一次的彗星造访过一个月之前，岛国某个深山的乡下小镇。在这里女高中生三叶每天都过着忧郁的生活，而她烦恼的不光有担任镇长的父亲所举行的选举运动，还有家传神社的古老习俗。在这个小小的城镇，周围都只是些爱瞎操心的老人。为此三叶对于大都市充满了憧憬。
某一天，自己做了一个变成男孩子的梦。这里有着陌生的房间、陌生的朋友。而眼前出现的则是东京的街道。三叶虽然感到困惑，但是能够来到朝思暮想的都市生活，让她觉得神清气爽。另一方面在东京生活的男高中生立花泷也做了个奇怪的梦，他在一个从未去过的深山小镇中，变成了女高中生。两人就这样在梦中邂后了彼此。
男生泷在女生的学校里因为阳刚霸气让班里的同学更加喜欢她了，女生三叶帮助泷与打工店里的前辈奥寺关系更加亲密了。两人在手机记录下了每一天发生的事情。可是某一天，三叶与泷再也没有互换身体了。
焦急不安的泷便去了系守镇寻找三叶，让人出乎意料的是三年前彗星落在了这个村子，系守镇已经不复存在了。得知消息的泷不解。但他决定找出真相。
他突然想起在与三叶灵魂互换时，三叶的奶奶曾告诉过他们神守社的故事，三叶祭奠在神守社前的口嚼酒是三叶一半的身体。于是泷来到神守社喝下了三叶的口嚼酒。
以泷的时间为参照，开始，泷在电车上与三叶相遇，对于来打招呼的三叶，泷感到莫名其妙。
泷三年后某天突然与三年前的三叶交换了身体，也就是说泷与三叶交换身体的那段时间实际上有三年的时差。当泷发现事实真相后去喝了三叶的口嚼酒。这条世界线上的三叶死亡已成事实无法更改，泷的意识随之转换到三叶的记忆中，看到三叶的出生，母亲生病，父亲的逃避，再到去东京找他以及彗星到来，强烈的想挽救三叶的想法就这样在时空转换中出现。
等他醒来时又与三叶交换了身体，这一次是在彗星撞击前的夜晚，泷告诉了村里的人彗星来临村子要毁灭了，但是没有人相信他，他想到寻找到三叶。终于在黄昏之时，（黄昏之时时间可以扭曲）泷与三叶相遇了，他们互换了灵魂。
他们想在彼此的手上这写下对方名字之时，那一瞬间黄昏结束了。等到醒来时，那个人的名字却怎么也想不起来了，三叶看到手上的名字，我爱你，泪如泉涌。
故事的最后，他们终于拯救了小镇，泷和三叶彼此忘记了对方。三叶在灾难之中活了下来，来到东京生活；泷也同样在东京生活。但是
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