奉美国独立革命、法国革命道路为楷模，很多人走上“体制外”的激进改革，即暴力革命的道路。
按这个规律说来，蔡元培无疑是一个大大的例外。
蔡元培是以名翰林的身份投身到推翻现政权的暴力革命。前边说过，在封建社会，取得翰林的身份，也就意味着已跻身统治阶层的中上层。在中国传统社会里，对于一个以光耀门楣为平生大愿的普通读书人来说，到这般地境几乎是登顶造极了。尤其自清中叶以后，大学士、军机大臣、总督、巡抚这些权倾一时的职位多是由翰林出身者担当。翰林的前途，即使不是督抚重臣，仅仅终老于翰林院也足以誉满天下。
而蔡元培恰恰是年纪轻轻就具备了这样的名分。
能在自己正春风得意之时，投身到反清的民主革命中，甚至以文士之身投身革命暗杀活动，这不能不令人慨叹。或许，越是优秀的知识分子，越能超越自己的身份、名位、时势来接人处世，就越是具有独立的人格。蔡元培就是如此。
这也应了恩.格.斯的那句话，最先的抗议往往是从统治阶级内部发出的。
在很多人看来，蔡元培能基于大义而跳出自己的身份、名位，从根本上来讲，仍然来自于他在儒学熏染下形成的品质，所谓“经世致用”的理念。一般说来当中央政权强大、社会民生平稳安定时，也就是所谓的“治世”，儒士的经世观念就隐而不彰。而一旦社会危机四伏、专制衰弱、内忧外患纷至沓来之际，治国平天下的经世意识就会被激发出来。这种意识甚至可以使人能够义无反顾，舍生而取义。
蔡元培所处的时代正是中国社会最激烈动荡、国家最衰微的时代。他的青壮年时期，在中国发生了中法战争、甲午战争、八国联军侵华，以及戊戌变法、义和团运动等足以撼动国本的大事件。风雷激荡的社会状况强烈激发了蔡元培内心深处的忧患意识，也为其经世思想的实践提供了历史条件。
此一时期，一大批有影响的儒学思想家，如林则徐、魏源、龚自珍、姚莹、何秋涛等，以治国平天下自许、以挽救民族危亡为己任，在当时中国思想学术界形成了蔚为大观的竞相追求新知的盛况，为蔡元培汲取经世思想提供了丰富的思想养料。
蔡元培受龚自珍影响尤巨。他自1888年即开始研读龚自珍的著作，“自戊己来，读定庵先生文，喜而学之”，故反复阅读并作详细读书札记，对龚自珍的思想、行文风格十分熟悉。龚自珍主张“更法”，蔡元培则强调社会由“据乱世”过渡到“升平世”
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