自任经理，延梁启超主编。曾著文宣传资产阶级民权思想。后改为《昌言报》，不久停刊。
1898年创《时务日报》于上海，旋易名《中外日报》，拥护清政府实行“新政”。曾支持上海人民反对法人侵占“四明公所公墓”。
1901年《辛丑条约》签订后，俄军久驻奉天（今沈阳市）不撤，他愤然致电中外，慷慨力争。
1904年任内阁中书。1907年在北京办《京报》。1910年（宣统二年）办《刍言报》。著有《汪穰卿遗著》《汪穰卿笔记》等。
蔡元培到京后，开始听到的消息是因为经费困难，缓派赴欧留学人员。他将给清廷学部的留德申请呈上后，便耐心等待。经多方打听，不久便搞清楚了，原来“愿赴欧美者人数太少，派送之事竟搁置不办”，蔡元培的同乡肖伯棠，缪献甫极力劝说他自费留学，并慨然代为筹资。
蔡元培于是一方面应译学馆馆长章一山之聘，出任该馆国文教员。一方面向学部申请自费留学，等待批准。
1907年4月，清政府任命孙宝琦为驻德公使，这为蔡元培赴德提供了机会。孙宝琦的弟弟孙宝暄与蔡元培是故交，由孙宝暄从中介绍，蔡元培到孙宝琦家登门拜访，求孙宝琦帮忙，在驻德使馆安排一任职，帮助他实现留德的心愿。
孙宝琦早就认识蔡元培，并且印象极佳。不但一口答应帮忙，为免于影响他的学习，给他安排了个虚职。除了为蔡元培去德国提供方便外，实际是每月资助学费30两(合42银圆)。
与此同时，蔡元培还通过挚友张元济与上海商务印书馆商洽，特约他在德国为该馆翻译德文著作，每月付给稿酬100银圆。这两笔收入远不能解决蔡元培在德国的费用和国内妻儿的家用，但蔡元培迫切的心情使他也顾不了许多。
很快，蔡元培抛家别子，于6月随孙宝琦一行前往德国，开始了他的首次欧洲之行。
据统计，清末留德的中国学生前后总计有114人，其中官费生87名，自费生27名，年龄多数不到25岁。在早期众多的留学生中并不乏自费生，但是，蔡元培可谓是不依赖国内支持、“半工半读”的第一个留学生。而且当时的蔡元培已是年近四旬，年纪远远超过其他留学生。
蔡元培在德国第一年居住在柏林，由于经济拮据，生活非常艰苦，他曾以“半佣半丐之生涯”来形容自己的这段德国求学生活。
为解决在德国生活和求学的费用，蔡元培在孙宝琦的介绍下，为
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