离了权力圈，但蔡元培仍然利用他在国民党内的声望和资本，为教育事业争取尽可能多的资源，努力争取教育经费独立、增加经费、提高老师待遇。
1929年6月，南京国民党政权作出取消所有大学区制的同时，又决定设立国立北平研究院，以削弱蔡元培以及他领导的中央研究院在国内的影响力。
同时，南京国民党政权还处处与中央研究院为难。1930年1月，在蒋介石亲自主持的国民党中央政.治.会.议上，勒令中央研究院在上海动工兴建的物理、化学、工程三个研究所的工程立即停止，于4月以前迁往南京。
不久，亲近蔡元培的蒋梦麟也被从教育部长的职位上逼走，由蒋介石以行政院长的名义兼任教育部长，由李书华为政务次长，后又提拔其为教育部长。这样一来，蔡元培的影响力日渐被完全排除到了南京国民政府教育部的领导体系之外。
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