2011年6月8日诺伊尔前往拜仁慕尼黑体检，并和拜仁正式签约一份至2016年6月30日期满的五年合约，诺伊尔正式转会到拜仁慕尼黑，成为拜仁慕尼黑新一号门将，转会费高达两万欧元并附加有和成绩挂勾的后续条款，成为德甲历史上身价最贵的门将。
而在此之前沙尔克庆祝德国杯夺冠的游行上，还发生了一件事，一些盖尔森基兴的极端球迷趁他没注意的时候打了他一记耳光，这也可以看出沙尔克球迷当时对他的离开是多么生气了。
不过在2011年7月31日诺伊尔以二百一十票当选德国权威杂志《踢球者》最佳球员，亦即2010-2011赛季德国足球先生。
2011-12赛季拜仁以二十二个赛季失球成为德甲失球最少的球队。诺伊尔本人也以一千一百四十七分钟不失球超越了卡恩保持的记录并创造门将不失球新记录。德国杯半决赛，在与门兴点球大战中，诺伊尔扑出诺尔特韦伊特的点球使得拜仁以四比二晋级德国杯决赛；在欧冠半决赛与皇马点球大战中，诺伊尔更是连续扑出C罗和卡卡的点球，使得拜仁最终晋级决赛，最终的欧冠决赛拜仁在点球大战中负于切尔西。
2013年6月3日2012-13赛季德国足协杯决赛在柏林的奥林匹克体育场上演，已经夺得了联赛冠军和欧冠冠军的拜仁慕尼黑以三比二力挫斯图加特，获得了德国足协杯冠军的同时，成为了德国首支三冠王的球队，也是欧洲第七支三冠王队伍。前六支球队分别为1966-67赛季的凯尔特人、1971-72赛季的阿贾克斯、 1987-88赛季的埃因霍温、1999-2000赛季的曼联、2008-09赛季的巴塞罗那和2009-10赛季的国际米兰。
2014年1月7日国际足球历史和统计联合会揭晓了该机构评选的2013年度世界最佳门将，最终拜仁门将诺伊尔高票当选，成为卡恩之后又一获此殊荣的德国球员，而直到此刻他已经成为了新一代门将的领军人物，甚至很多人认为他已经成为了世界上最好的门将。
诺伊尔不仅是一名门将，更是一位清道夫，他屡次冲出禁区，通过头球、滑铲和解围，将对手的威胁球从起点就杀死。这种踢法，需要的是对球队距离感、位置感和防守能力、爆发力都足够出色，诺伊尔恰恰将他的这些特点，用比赛展现的淋漓尽致。
他也配得上金球奖，诺伊尔是世界杯冠军，他把门将位置提升到了一个新的层次，在世界杯上改变了门将在比赛中的定位，他不仅只
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