璋开始不安。因此，朱元璋便下令撤了锦衣卫，将其手头上的案件，全部交给三法司处理。
朱棣即位后，认为锦衣卫很好用，于是又恢复了。这时候锦衣卫的特权更多了，不仅可以私自逮捕皇亲国戚，还参与到军事情报当中。锦衣卫下有十六个所，在编人数多达六万，遍布全国各地。除此之外，锦衣卫还直辖经历司、南、北镇抚司三个部门。
这三个部分各司其职。经历司掌管收发公文；南镇抚司掌管本卫刑法事务，主要就是管理内部人员；北镇抚司负责侦查、逮捕、审问等工作，还掌管着臭名昭著的“诏狱”，所以北镇抚司，也是最让人生畏的一个部门。
这第二个特务（特权）机构就是东厂
东厂的成立比锦衣卫要晚一些，不过设立的原因，却与锦衣卫有关。
朱棣恢复锦衣卫之后，还是渐渐感到给他们的权利过多，加上遇到一些紧急事务，传召锦衣卫不是很方便。于是，朱棣便成立了东厂，开始培养一些忠诚度较高的宦官。
永乐十八年，东厂正式成立，它的全名是“东缉事厂”。东厂同样直接归皇帝管辖，首领一般都是皇帝亲自任命，是皇帝最信任的宦官。东厂首领全称为“钦差总督东厂官校办事太监”，不过大家更熟悉其简称“厂公”或是“督主”。
东厂刚成立的时候没什么人，所以朱棣就从锦衣卫调派高手，让他们训练一批太监。等这些太监合格后，就可以自己培养下一代太监。东厂负责的事务和拥有的特权，与锦衣卫差不多，不过东厂没有自己的监狱，如果抓到犯人，还是要交给锦衣卫北镇抚司处置。
虽然东厂成立的时间，要比锦衣卫晚一些，但出于设立的根本原因，是朱棣想要让其监督锦衣卫，所以东厂一直凌驾于锦衣卫之上。锦衣卫指挥使见到东厂厂公，甚至都要行跪拜礼。
到了明朝中后期，特别是刘瑾、魏忠贤等大宦官掌权之时，锦衣卫指挥使的任命，甚至都要经过他们的允许。因此后来的锦衣卫，也不得不依附东厂，成为其手下爪牙。
值得一提的是，东厂这样一个坏事做尽的组织，其总部大堂竟然悬挂的是岳飞的画像，实在是讽刺。
这第三个特务（特权）机构就是西厂
西厂的成立时间就更晚了，明宪宗朱见深即位后，渐渐对东厂的工作感到很不满。有一次，道士李子龙潜入皇宫，差点伤了明宪宗，所以明宪宗认为，光有东厂保护自己还不够。
于是，明宪宗让自己的亲信太监汪直，从锦
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