当宿主的免疫力低下时才会致病。因此，该病常见于全身性免疫缺陷性疾病、慢性衰竭性疾病时，如获得性免疫缺陷综合征（AIDS）、淋巴肉瘤、网状细胞肉瘤、白血病、霍奇金病、多发性骨髓瘤、结节病、结核病、糖尿病、肾病及红斑狼疮等。
新型隐球菌不产生毒素，所以只诱发极轻微的组织炎症反应。其荚膜多聚糖是至今发现的主要毒性因子。荚膜的存在能阻止多形核白细胞和巨吞噬细胞的吞噬。患隐球菌病患者可产生抗隐球菌抗体，但此种抗体在宿主防御机制中的确切作用尚不了解。
临床表现
1、新型隐球菌CNS感染发生在所有年龄组者，但以30-60岁多见。男性多于女性，本病通常起病隐袭，多呈亚急性或慢性起病，急性起病仅占10%，进展缓慢。多见于免疫功能低下或免疫缺陷的病人，5%-10%的AIDS病人可发生隐球菌性脑膜炎。几乎所有的病人均有肺部感染，但由于症状短暂、轻微，临床易被忽略。
2、多呈亚急性。临床表现为亚急性或慢性脑膜炎或脑膜脑炎的症状。典型的表现包括低度发烧，头痛，恶心，呕吐，精神状态的改变，精神混乱、易激动、记忆力障碍、行为改变、嗜睡、和颈项强直；少见症状有视觉紊乱（视力模糊、眼球后疼痛、复视、畏光）。约15%患者可无脑膜炎的临床症状出现。部分患者临床首发症状可表现为精神障碍如烦躁不安、人格改变、记忆减退及意识模糊为主、或继发于脑积水的颅内压增高和视**水肿、颅神经瘫、小脑受累的症状和体征，癫痫发作，甚或偏瘫和失语。少数隐球菌脑膜炎患者可毫无症状。
3、表现为脑膜炎的首发症状为间歇性头痛、呕吐及不规则低热，脑膜刺激征如颈强直及Kernig征是常见症状，也可见脑神经损害、意识障碍、痫性发作及精神障碍等。但发热仅出现于半数病例，头痛可变为持续性或进行性加重。
4、大多数患者可出现颅内压增高症状和体征，如视**水肿及后期的视神经萎缩。由于脑底部蛛网膜下腔渗出明显，常有蛛网膜粘连而引起多数脑神经受损症状，常累及听神经、面神经及动眼神经等，也可因脑室系统梗阻出现脑积水，脑膜血管病损可造成各种中风综合征。
5、CNS新型隐球菌感染除造成慢性脑基底脑膜炎外，尚可造成遍及全脑的隐球菌结节，此结节由丛集的新型隐球菌组成，具有很少的组织炎性反应。这些隐球菌结节可大至肉眼即能见到，或小至只有显微镜方能查见。隐球菌丛集于视
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