《名侦探柯南》中有大量客串。
但两部作品相互独立，《魔术快斗》不是《名侦探柯南》的番外篇或特别篇，二者没有附属关系，作者也表示两部作品不会合并结尾。
魔术快斗的故事背景：
一位神秘首脑雇佣世界各地的杀手，组建成该组织，主要目的是寻找传说中使人长生不老的“命运之石”——“潘多拉”，因此对散落在世界各地的大宝石下手。据说暗杀了因为偷窃珠宝而妨碍了神秘组织行动的第一代怪盗基德（黑羽盗一）。
听起来很相似，但是漫画原作者青山刚昌已明确表示此神秘组织与《名侦探柯南》中的黑衣组织不是同一个组织。
但是，眼下这是什么意思？
两个世界合并的混合世界？
然后致力于研究长生的黑衣组织，消灭了魔术快斗里的神秘组织？
《魔术快斗》里的“神秘组织”成员代号都是以危险的动物命名，而《名侦探柯南》里面的黑衣组织成员代号都是以酒类名字所命名。而且《名侦探柯南》黑衣组织成员不仅全部穿黑衣，而且实力要远远超过《魔术快斗》里的“神秘组织”。
所以，即便同时存在，那么黑衣组织吞并乃至于消灭后者的可能性很大。
“这枚宝石，是组织从别的组织抢夺来的吧？”
林正阳突然发问。
琴酒有些意外，点点头：
“那是很早的事情了，对方是专门追寻这枚长生宝石的组织，彼此之间用动物为代号，实力不算弱，就算是组织也花了不少心思才彻底打垮他们。”
“这么些年过去了，就算还有几个死剩种在外，也不成气候了。组织成立初期搜集了大量关于长生的传说和神秘物品，其中唯一被确认为切实有效的，其实就是这宝石·········可惜当初下手太快，后来没人再清楚宝石的真正用法，组织只能退而求其次，利用宝石的辐射培养神血细胞。”
林正阳真的有些吃惊了。
黑衣组织得到“潘多拉”之后以此研发APTX4869来达到长生不老的目的··········那是不是接下来黑羽盗一是组织boss？
简直莫名其妙··········
他收敛了些心里有些轻浮的思想，重新审视着自己的处境。
“麻烦了，魔术快斗的世界观里，可是存在红子这位血统纯正的魔女的，跟纯粹的推理动漫不同，魔术快斗里面超现实的元素有点多了。”
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