咖啡豆类型以及咖啡中添加的糖、牛奶或奶油的量，这导致在暴露量方面有一些分类错误。
最后，在关于咖啡因摄入量的前瞻性研究中，咖啡和茶一直是咖啡因的主要来源。目前尚不清楚这些含咖啡因饮料的观察结果是否也适用于咖啡因的其他来源。
血压、血脂和心血管疾病
对持续时间较长的试验进行的荟萃分析表明，摄入纯咖啡因而非咖啡或其他饮料会导致收缩压和舒张压小幅上升。然而，在对含咖啡因的咖啡进行的试验中，血压并未受到明显影响，即使高血压患者也是如此，原因可能是咖啡中的其他成分（例如绿原酸）抵消了咖啡因升血压作用。同样地，在前瞻性队列研究中，饮用咖啡与高血压风险增加不相关。
在未过滤的咖啡（例如法式压滤咖啡、土耳其咖啡或斯堪的纳维亚现煮咖啡）里，具有升高胆固醇作用的化合物咖啡醇的浓度很高；espresso特浓咖啡和摩卡壶现煮咖啡内的咖啡醇浓度居中；而滴滤咖啡、速溶咖啡和渗滤咖啡内的咖啡醇浓度可忽略不计。在随机试验中，与过滤的咖啡相比，大量饮用未过滤咖啡（中位数，每日6杯）会使低密度脂蛋白胆固醇水平增加17.8mg/dL，预计主要心血管事件风险增加11%。相反，过滤的咖啡未增加血清胆固醇水平。因此，限制饮用未过滤咖啡和适量饮用espresso特浓咖啡可能有助于控制血清胆固醇水平。
人体实验和队列研究表明摄入咖啡因与心房颤动不相关。研究一致表明，在一般人群或者有高血压、糖尿病或心血管疾病史的人群中，与不饮用咖啡相比，每日饮用多达6标准杯含咖啡因的过滤咖啡与冠心病和卒中这些心血管结局的风险增加不相关。实际上，饮用咖啡与心血管疾病风险降低相关，每日饮用3～5杯咖啡时心血管疾病风险最低。观察性结果表明，饮用咖啡与冠心病、卒中及心血管原因死亡风险呈负相关。
体重管理、胰岛素抵抗和2型糖尿病
代谢研究提示，咖啡因可通过降低食欲以及提高基础代谢率和食物引起的生热作用来改善能量平衡。在队列研究中，咖啡因摄入量增加与长期体重增幅略微减小相关。来自随机试验的有限证据也支持咖啡因对体脂的小幅有益作用。然而，热量高的含咖啡因饮料（例如软饮料、能量饮料、加糖的咖啡或茶）可能会导致体重增加。
饮用含咖啡因的咖啡（每日4～5杯）长达6个月并未影响胰岛素抵抗。此外，在队列研究中，习惯性饮用咖啡与2型糖尿病风险降
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