低之间存在剂量-反应关系，且含咖啡因的咖啡和脱咖啡因的咖啡与2型糖尿病风险之间的关系相似。综上所述，这些研究结果提示，咖啡因对胰岛素敏感性产生的不良效应可被身体耐受，或者上述不良效应被非咖啡因成分对葡萄糖代谢的长期有益效应（可能是在肝内）所抵消。
癌症和肝脏疾病
许多前瞻性队列研究提供了强有力证据，证明饮用咖啡和摄入咖啡因与癌症发病率增加或癌症死亡率增加均不相关。饮用咖啡与黑色素瘤、非黑色素瘤皮肤癌、乳腺癌和前列腺癌的风险小幅降低相关。研究发现，饮用咖啡与子宫内膜癌和肝细胞癌风险呈较强负相关。对于子宫内膜癌，饮用含咖啡因的咖啡和脱咖啡因的咖啡时上述关联相似，而对于肝细胞癌，饮用含咖啡因的咖啡时上述关联似乎更强。
咖啡还与肝脏健康的其他方面（包括反映肝损伤的酶水平较低，以及肝纤维化和肝硬化风险较低）相关。此外，咖啡多酚可改善脂肪的体内平衡和减少氧化应激，并通过这一方式防止肝脏脂肪变性和纤维发生。
结石病
饮用咖啡与胆结石和胆囊癌风险降低相关，而且与脱咖啡因的咖啡相比，含咖啡因的咖啡与上述风险降低之间的关联更强，这提示咖啡因可能起到保护作用。饮用咖啡可抑制胆囊液体吸收、增加胆囊收缩素分泌和刺激胆囊收缩，从而防止胆固醇结石形成。
神经系统疾病
前瞻性队列研究表明，摄入咖啡因与帕金森病风险呈较强负相关。饮用脱咖啡因的咖啡与帕金森病不相关，这一情况提示上述负相关来自咖啡因，而非咖啡其他成分。在美国和欧洲几个研究中，饮用咖啡和摄入咖啡因也与抑郁和自杀风险降低相关，但这些观察结果可能不适用于摄入量很高的人（每天饮用≥8杯咖啡）。关于饮用咖啡与痴呆或阿尔茨海默病风险相关性的不同研究，其结论并不一致。
全因死亡率
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在全球队列研究以及在对欧洲人、非洲裔美国人和亚裔进行的队列研究中，每日饮用2～5标准杯咖啡与死亡率降低相关。对吸烟状态产生的混杂作用进行校正后，每天饮用5杯以上咖啡的人的死亡风险低于或类似于不饮用咖啡的人。基线健康状况产生的混杂作用可能是一个问题，但如果将分析人群仅限于基线时无慢性病且自我评定的健康状况并非不良的参
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